Osobitná škola v Šamoríne bola zriadená 12.9.1977 so súhlasom MNV v Šamoríne a patrila pod ONV v Dunajskej Strede. Riaditeľkou a učiteľkou tejto školy sa stala Mgr. Edita Szamosová. V tomto roku vznikla aj Osobitná škola s vyučovacím jazykom maďarským. Riaditeľkou bola p. Presinszká a neskôr p. Eva Svingerová. Školy boli umiestnené v bývalej lekárni oproti dnešnému Mestskému úradu v Šamoríne.

Do dnešných priestorov školy sa presťahovali v r. 1991,1992. Od 1.1.1997 školy získali právnu subjektivitu a do 31.8.2011 fungovali ako samostatné právne jednotky. Od 1.9.2011 Špeciálna základná škola a Špeciálna základná škola s vyučovacím jazykom maďarským boli zlúčené do jedného právneho subjektu s názvom

Špeciálna základná škola-Speciális Alapiskola, Pomlejská cesta 1, Šamorín.

Vyučovací jazyk: slovenský-maďarský, pre žiakov s mentálnym postihnutím. Do 28.2.2017 riaditeľkou školy bola Mgr. Anna Lauková.

V súčasnosti riaditeľkou školy je Mgr. Henrieta Balheimová.